داستان فیلم آقای هلمز در سال ۱۹۴۷ میلادی می گذرد و کارآگاه هلمز بازنشسته به روستای ساسکس رفته است و در آنجا به پرورش زنبور مشغول است. تنها اطرافیان او خدمتکار و پسر خدمتکار هستند. اما او همچنان درگیر یک پرونده حل نشده 30 ساله است…