گروهی از دانشمندان فکر می کنند که سرانجام محل شهر گمشده آتلانتیس را پیدا کرده اند. انها می توانند از طریق کهکشان پگاسوس به آن دست یابند. رادنی نمی تواند از شر یک شی باستانی که او را شکست ناپذیر میکند اما توانایی خوردن و آشامیدن را از او می گیرد خلاص شود.

شپرد توسط یک حشره خطرناک گزیده می شود و در حال مرگ است.

فورد و شپرد سرزمین هایی را در آتلانتیس پیدا می کنند. برخ یاز اعضای تیم به آتوزیانس مشکوک می شوند.

راندنی سیاره ای را پیدا می کند که ساکنین آن وقتی به 25 سالگی می رسند خودکشی می کنند تا ریث نتواند از زندگیشان تغذیه کند.

آتلانتیس به هافنز که در حال طراحی یک برنامه دفاعی در برابر ریث هستند، پیشنهاد کمک می کند.

آتلانتیس می خواهد با جنی تجارت غذا را شروع کند. جنی ها یک اجتماع متمدن ساده هستند که بعد معلوم می شود پیچیده تر از آنکه بنظر می رسد هستند و در حال برنامه ریزی یک حمله هسته ای به ریث هستند.

یک قورباغه با توانایی تولید انرژی سفر به زمین را ممکن می کند اما اشکالی در کار وجود دارد.

دو طوفان سهمگین در حال نزدیک شدن به آتلانتیس استو اهالی آن باید آنجا را تخلیه کنند.

شپرد در حال مبارزه با کولیا است. مک کی و ویر در حال جبران خسارات وارده هستند.

جان شپرد و رادنی مک کی و دو دانشمند دیگر در حال بازرسی یک سفینه فضایی متعلق به ریث هستند که ده هزار سال پیش در هنگام جنگ بین ریث و آتلانتیس سقوط کرده و هنوز سیگنال درخواست کمک می فرستد.

گروهی از دانشمندان از جمله مک کی، زلنکا و فورد در معرض یک ویروس مرگبار قرار می گیرند. شپرد یکی از دانشمندان را که در حال فرار است تعقیب میکند.

شپرد یک کشیش را که از اسلحه مخفی ریث اظهار بی اطلاعی میکند به آتلانتیس دعوت میکند تا با او درباره ی امنیت پناهنده ها صحبت کند.

امروز روز تولد الیزابت است و یک هدیه ویژه دریافت میکند.

تیم به داگان می رسد همانجاییکه می تواند سنگ مخصوصی را پیدا کند که باعث ترمیم زی پی ام می شود.

مک کی راهی برای تماس با زمین پیدا میکند. شپرد و تایلا برای جاسوسی علیه ریث که به سمت آتلانتیس در حرکت است، راهی می شوند.

کابوسهای تایلا او را رها نمیکنند. او به یک روانشناس مراجعه می کند و یک پیرزن از آتوزیان به او می گوید که توانایی حس کردن ریث را از راه دور را دارد.

مک ئکی و زلنکا راهی برای تعمیر اسلحه ماهواره ای باستانی پیدا می کنند. بیتس و تایلا وارد یک مشاجره می شوند. او بیهوش و بشدت زخمی می شود.

همه ناامید شده اند تا اینکه ژنرال اورت ناگهان از زمین می رسد. او می خواهد هر طور شده تا زمان رسیدن زی پی ام از زمین محافظت کند.

آتلانتیس برای نبرد نهایی به سرزمین خود بازمی گردند. آیا آنها می توانند جلوی ریث را بگیرند و اجازه ندهند که زمین را بطور کلی نابود کند؟