داستان این فیلم، یک ماجراجویی خاص و حماسی درباره امید و قدرتمند شدن است. زمانی که آلیتا به هوش می آید و متوجه می شود که در آن آینده ای که هیچ شناختی از آن ندارد، خودش را هم به یاد نمی آورد و خاطراتش را از دست داده، توسط فردی به نام ایدو تحت حمایت و پشتیبانی قرار می گیرد. ایدو یک دکتر با محبت و خوش قلب به حساب می آید که متوجه می شود درون این پوسته سایبورگی رها شده، قلب و روح یک زن جوان با یک گذشته ی فوق العاده قرار دارد. دوست خیابانی و باهوش آلیتا به نام هیوگو به جای کمک کردن، تصمیم میگیرد که دلیلی برای بازگرداندن خاطرات او باشد. تنها همین زمان بود که نیروهای فاسد و مرگباری که شهر را اداره می کردند به وجود آلیتا پی ببردند و به سراغ او میایند. آلیتا مصمم شده بود تا به داستان گذشته ی خود پی ببرد و همین ماجراجویی باعث شد تا او بیشتر از بی عدالتی های این دنیای تیره و فاسد خبردار شود. او متوجه میشود که تنها یک زن جوان می تواند دنیایی را که در آن زندگی می کند، نجات دهد و…