اختاپوس های رایانه ای که از هوش مصنوعی برخوردارند، تا ۴۸ ساعت بعد نسل بشر را منقرض می کنند. اسمیت که به نوعی ویروس رایانه ای تبدیل شده؛ در ادامه تلاش برای تصاحب ماتریکس و انتقام خود از نئو است. نئو با بین (ایان بلیس) در گیر می شود، که در زایون توسط اسمیت آلوده به ویروس شده است، و…