داستان فیلم «مأموریت غیرممکن: سقوط»، دو سال بعد از دستگیری سالامون لین می گذرد، حالا بقایای تشکیلاتی که او رهبریش را برعهده داشت اکنون تبدیل به یک گروه تروریستی جدید به نام حواریون شده است که در حال عملیات تروریستی در نقاط مختلف دنیا هستند. در این میان؛ هانت و گروهش مأموریت پیدا می کنند تا سه کلاهک حاوی پلوتونیم که قرار است در برلین توسط حواریون خریداری شود را پیدا کنند. نقشه حواریون منفجر کردن سه مکان مذهبی مهم بر روی زمین است:واتیکان، کعبه و قدس. با این حال عملیات آنطور که باید پیش نمی رود و….