فیلم مردان سیاه پوش 3 در مورد بیگانه ای فضایی است که در سال 1969 موفق می شود تا مامور کی را به قتل برساند و حیات در کره زمین را در وضعیت بغرنج قرار دهد. مامور جی که حالا یک مامور کارکشته در سازمان به حساب می آید، مامور می شود تا در زمان سفر کند تا مانع از کشته شدن او در موعد مقرر گردد و به این ترتیب کره زمین و نسل بشر را نجات دهد…