داستان انیمیشن بچه رئیس درباره خانواده ای است که طفلی را به خانه می آورند ولی با ورود این بچه حوادث عجیبی در خانه می افتد که مقصرشان پسر دیگر دانسته می شود، بین دو بچه دشمنی می افتد ولی...