داستان فیلم در فضای جنگ سرد بین روسیهٔ شوروی و غرب انجام می شود. دکتر ایندیانا جونز، استاد پاره وقت باستان شناسی دانشگاه و ماجراجویی کامل است. او با افسران روسی که قصد ربودن جمجمهٔ بلورین را دارند، وارد درگیری و ماجراجویی کامل می شود و ...